<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">Thanks Arni, this is a great explanation of some wishlist ideas.</div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">
<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">embedding such a PLUI class is a great idea but i see some issues and complexities:</div><div class="gmail_default"><ol><li><font face="trebuchet ms, sans-serif">You would probably need a flag of some sort that a mymod.ctl file is being used</font></li>
<li><font face="trebuchet ms, sans-serif">if flagged, then does mymod.ctl have a record for every parameter? what about bounded_vector_vectors etc?</font></li><li><font face="trebuchet ms, sans-serif">Perhaps INITIALIZATION_SECTION could be modified to accommodate the P L and U of PLUI? It already does the initialization (obviously). Putting greater control here may not be a benefit though and would likely cause more confusion</font></li>
</ol><div><font face="trebuchet ms, sans-serif">Re the MCMC option, aside from output generation, it shouldn't be hard to add a command line option that did default behavior, i.e., -runmcmc that would do both -mcmc 1e6 -mcsave 200 then -mceval in sequence?</font></div>
<div><font face="trebuchet ms, sans-serif"><br></font></div><div><font face="trebuchet ms, sans-serif">Cheers,</font></div><div><font face="trebuchet ms, sans-serif">Jim</font></div></div></div><div class="gmail_extra"><br>
<br><div class="gmail_quote">On Fri, Jan 10, 2014 at 12:00 PM, Arni Magnusson <span dir="ltr"><<a href="mailto:arnima@hafro.is" target="_blank">arnima@hafro.is</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Happy new year to you, core developers!<br>
<br>
As Johnoel mentions, there is a wishlist item #11 in the Reykjavik Workshop Report that says:<br>
<br>
"Flag/switch class Simplify the use of control and MCMC files, perhaps MFCL-like object capability"<br>
<br>
This wishlist item is really about two things:<br>
<br>
---<br>
<br>
(1) Sometimes we want to make ADMB applications general and user-friendly. By user-friendly, I don't mean beginner-friendly, but an efficient interface for running a variety of related models without recompiling. Fixing parameters and setting bounds, phases, and initial values, and various model-specific settings. This is sometimes done inside the main data file and sometimes in a separate control file.<br>

<br>
Take <a href="http://www.hafro.is/~arnima/pella/pella.tpl" target="_blank">http://www.hafro.is/~arnima/<u></u>pella/pella.tpl</a> for example. The data and parameter sections are rather convoluted, in order to provide a PLUI (phase,lower,upper,init) interface for controlling the parameter estimation.<br>

<br>
Of course the exact implementation will vary from model to model. But writing the PLUI code feels unnecessarily clunky and repetitive. The code for switching to the control file is rather ugly, and and so is the code to set the parameter phases, bounds and inits. Perhaps these tasks are so common and so useful that we can provide some new functionality to make them easier for the ADMB programmer.<br>

<br>
This example is a tiny model with very few parameters. The importance of this wishlist item becomes greater with dozens of parameters.<br>
<br>
---<br>
<br>
(2) MCMC is an important feature of ADMB. I like telling potential and new users that it's a piece of cake to run MCMC for any ADMB model: you basically just type mymodel -mcmc.<br>
<br>
Well, sort of.<br>
<br>
The <a href="http://www.hafro.is/~arnima/pella/pella.tpl" target="_blank">http://www.hafro.is/~arnima/<u></u>pella/pella.tpl</a> example shows a common approach. First we have if(mceval_phase()) write_mcmc(); and later we have FUNCTION write_mcmc, with a long workaround to put a header for each column in the MCMC output.<br>

<br>
Wouldn't it be cool if the user could actually type mymodel -mcmc without all that stuff, and get a text file with column headers, ready to plot. For the most advanced users, the PSV file is just that, but for the majority of users that's not a very intuitive or accessible format. Again, a task that is so common and so useful could be made easier to use.<br>

<br>
A related idea is an MCMC_SECTION with a stream object that's ready to use, mcmc<<"blah"<<..., much like the report stream object in the REPORT_SECTION.<br>
<br>
---<br>
<br>
As you can tell, I'm interested in both of these wishlist items. They may not be top priority, but potential areas where ADMB could be a bit smoother around the edges. We can revisit them at the next workshop, to decide whether and how some of this could be done. We did not look at this at the Reykjavik workshop, but included it in the report as a reminder of a discussion item after the workshop.<br>

<br>
All the best,<br>
<br>
Arni<br>
<br>
<br>
<br>
On Fri, 10 Jan 2014, Johnoel Ancheta wrote:<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi all,<br>
<br>
Happy New Years.<br>
<br>
I looked over the workshop report and noticed a priority task "Flag/Switch class to simplify the use of control and MCMC files..."<br>
<br>
It says someone is working on this, but did not say who?<br>
<br>
Johnoel<br>
<br>
</blockquote>
______________________________<u></u>_________________<br>
Developers mailing list<br>
<a href="mailto:Developers@admb-project.org" target="_blank">Developers@admb-project.org</a><br>
<a href="http://lists.admb-project.org/mailman/listinfo/developers" target="_blank">http://lists.admb-project.org/<u></u>mailman/listinfo/developers</a><br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><p><font face="trebuchet ms, sans-serif"><a name="SafeHtmlFilter_SafeHtmlFilter_SafeHtmlFilter_SafeHtmlFilter_SafeHtmlFilter_SafeHtmlFilter__MailAutoSig">James
Ianelli<br></a>NMFS/NOAA Building 4<br>7600 Sand Pt Way NE<br>Seattle WA 98115</font></p><p></p>

<p><font face="trebuchet ms, sans-serif"> <span title="Call with Google Voice">206 526 6510</span></font></p><p>Visit the ADMB project <a href="http://admb-project.org/" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">http://admb-project.org/</a><font face="trebuchet ms, sans-serif"><span title="Call with Google Voice"><br>
</span></font></p><p></p></div>
</div>