&gt; poos001@D0400736:~/admb$ export ADMB_HOME=/home/poos001/admb-9.0.65-linux64-gcc3.4.6/<br><br>remove the trailing backslash, so that<br>$ export ADMB_HOME=/home/poos001/admb-9.0.65-linux64-gcc3.4.6<br><br>then <br>$ export PATH=$ADMB_HOME/bin:$PATH<br><br>finally<br>$ tpl2rem envpref<br><br>let me know,<br>johnoel<br>----- Original Message -----<br>From: "Poos, Jan Jaap" &lt;janjaap.Poos@wur.nl&gt;<br>Date: Tuesday, December 9, 2008 10:49 pm<br>Subject: Re: [ADMB Users] glitch in tpl2rem (and tpl2cpp) ?<br>To: users@admb-project.org<br><br>&gt; &nbsp;<br>&gt; My reply is at bottom...<br>&gt; <br>&gt; -----Original Message-----<br>&gt; From: users-bounces@admb-project.org [mailto:users-bounces@admb-<br>&gt; project.org] On Behalf Of John Ancheta<br>&gt; Sent: Tuesday, December 09, 2008 7:37 PM<br>&gt; To: users@admb-project.org<br>&gt; Subject: Re: [ADMB Users] glitch in tpl2rem (and tpl2cpp) ?<br>&gt; <br>&gt; Download and install a current version of ADMB from<br>&gt; <br>&gt; http://admb-project.org/downloads<br>&gt; <br>&gt; Installation guides can be found at<br>&gt; <br>&gt; http://admb-project.org/documentation<br>&gt; <br>&gt; Let me know,<br>&gt; johnoel<br>&gt; <br>&gt; On Dec 9, 5:53&nbsp;am, "Poos, Jan Jaap" &lt;janjaap.P...@wur.nl&gt; wrote:<br>&gt; &gt; Hi,<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; I found a small problem with respect to tpl2rem on linux, <br>&gt; using <br>&gt; &gt; admb-9.0.9rc2-linux64-gcc3.4. When using tpl2rem on a file on <br>&gt; one of <br>&gt; &gt; our network disks, this results in:<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; sh: envpref.htp: Permission denied<br>&gt; &gt; Error executing command &nbsp;sed -e " " &nbsp;classdef.tmp &gt; envpref.htp<br>&gt; &gt; sh: envpref.htp: Permission denied<br>&gt; &gt; Error executing command sed -n -f<br>&gt; &gt; /home/poos001/admb-9.0.9rc2-linux64-gcc3.4/bin<br>&gt; &gt; /seddf1b3 tfile2 &gt;&gt; envpref.htp<br>&gt; &gt; sh: envpref.htp: Permission denied<br>&gt; &gt; Error executing command sed -n -f<br>&gt; &gt; /home/poos001/admb-9.0.9rc2-linux64-gcc3.4/bin<br>&gt; &gt; /seddf1b4 tfile4 &gt;&gt; envpref.htp<br>&gt; &gt; sh: envpref.htp: Permission denied<br>&gt; &gt; Error executing command sed -f<br>&gt; &gt; /home/poos001/admb-9.0.9rc2-linux64-gcc3.4/bin/se<br>&gt; &gt; ddf1b2 tfile2 &gt;&gt; envpref.htp<br>&gt; &gt; etc.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Subsequently, the directory in which the tpl file is located <br>&gt; looks like:<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; -rw-r--r-- 1 root &nbsp; &nbsp;imares &nbsp; &nbsp;1894 2008-12-09 16:36 classdef.tmp<br>&gt; &gt; -rw-r--r-- 1 root &nbsp; &nbsp;imares &nbsp; &nbsp;3817 2008-12-09 16:36 <br>&gt; envpref.cpp <br>&gt; &gt; -rwxrwxrwx 1 poos001 imares 6622965 2008-10-04 22:25 envpref.dat<br>&gt; &gt; -rw-r--r-- 1 root &nbsp; &nbsp;imares &nbsp; &nbsp;1894 2008-12-09 16:36 <br>&gt; envpref.htp <br>&gt; &gt; -rwxrwxrwx 1 poos001 imares &nbsp; &nbsp;4132 2008-10-04 22:25 <br>&gt; envpref.pin <br>&gt; &gt; -rwxrwxrwx 1 poos001 imares &nbsp; &nbsp;2308 2008-12-09 14:01 envpref.tpl<br>&gt; &gt; -rw-r--r-- 1 root &nbsp; &nbsp;imares &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0 2008-12-09 16:36 header.tmp<br>&gt; &gt; -rw-r--r-- 1 root &nbsp; &nbsp;imares &nbsp; &nbsp;1263 2008-12-09 16:36 tfile1<br>&gt; &gt; -rw-r--r-- 1 root &nbsp; &nbsp;imares &nbsp; &nbsp; 126 2008-12-09 16:36 tfile2<br>&gt; &gt; -rw-r--r-- 1 root &nbsp; &nbsp;imares &nbsp; &nbsp; 383 2008-12-09 16:36 tfile3<br>&gt; &gt; -rw-r--r-- 1 root &nbsp; &nbsp;imares &nbsp; &nbsp; 122 2008-12-09 16:36 tfile4<br>&gt; &gt; -rw-r--r-- 1 root &nbsp; &nbsp;imares &nbsp; &nbsp; 585 2008-12-09 16:36 xxalloc1.tmp<br>&gt; &gt; -rw-r--r-- 1 root &nbsp; &nbsp;imares &nbsp; &nbsp; 179 2008-12-09 16:36 xxalloc2.tmp<br>&gt; &gt; -rw-r--r-- 1 root &nbsp; &nbsp;imares &nbsp; &nbsp; 836 2008-12-09 16:36 <br>&gt; xxalloc3.tmp <br>&gt; &gt; -etc.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; So, all the temporary files remain in the directory. Running <br>&gt; tpl2rem <br>&gt; &gt; again results in a segmentation fault.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; This looks like a problem with setting the permissions when <br>&gt; the <br>&gt; &gt; temporary files are made. The problem disappears when copying <br>&gt; the <br>&gt; &gt; files to another location (like the users home dir). The same <br>&gt; problem <br>&gt; &gt; also disappears when running tpl2env as root. Maybe this can <br>&gt; be looked <br>&gt; &gt; into and fixed in a future version?<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Cheers, thanks in advance, Jan Jaap<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt; Users mailing list<br>&gt; &gt; Us...@admb-project.orghttp://lists.admb-<br>&gt; project.org/mailman/listinfo/u&gt; sers<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; Users mailing list<br>&gt; Users@admb-project.org<br>&gt; http://lists.admb-project.org/mailman/listinfo/users<br>&gt; <br>&gt; Hi John,<br>&gt; <br>&gt; Thanks for your swift reaction. However, it appears the problem <br>&gt; is not fixed, but has become worse. With v 9.0.65, tpl2rem fails <br>&gt; also in a situation where it worked previously:<br>&gt; <br>&gt; poos001@D0400736:~/admb$ export ADMB_HOME=/home/poos001/admb-<br>&gt; 9.0.65-linux64-gcc3.4.6/<br>&gt; poos001@D0400736:~/admb$ ./tpl2rem envpref<br>&gt; sed: couldn't open file /home/poos001/admb-9.0.65-linux64-<br>&gt; gcc3.4.6/binseddf1b3: No such file or directory<br>&gt; Error executing command sed -n -f /home/poos001/admb-9.0.65-<br>&gt; linux64-gcc3.4.6/binseddf1b3 tfile2 &gt;&gt; envpref.htp<br>&gt; sed: couldn't open file /home/poos001/admb-9.0.65-linux64-<br>&gt; gcc3.4.6/binseddf1b4: No such file or directory<br>&gt; Error executing command sed -n -f /home/poos001/admb-9.0.65-<br>&gt; linux64-gcc3.4.6/binseddf1b4 tfile4 &gt;&gt; envpref.htp<br>&gt; sed: couldn't open file /home/poos001/admb-9.0.65-linux64-<br>&gt; gcc3.4.6/binseddf1b2: No such file or directory<br>&gt; Error executing command sed -f /home/poos001/admb-9.0.65-linux64-<br>&gt; gcc3.4.6/binseddf1b2 tfile2 &gt;&gt; envpref.htp<br>&gt; sed: couldn't open file /home/poos001/admb-9.0.65-linux64-<br>&gt; gcc3.4.6/binsedf1b2d: No such file or directory<br>&gt; Error executing command sed -f /home/poos001/admb-9.0.65-linux64-<br>&gt; gcc3.4.6/binsedf1b2d tfile4 &gt;&gt; envpref.htp<br>&gt; sed: couldn't open file /home/poos001/admb-9.0.65-linux64-<br>&gt; gcc3.4.6/binsedf1b2a: No such file or directory<br>&gt; Error executing command sed -f /home/poos001/admb-9.0.65-linux64-<br>&gt; gcc3.4.6/binsedf1b2a xxalloc3.tmp &gt;&gt; envpref.cpp<br>&gt; sed: couldn't open file /home/poos001/admb-9.0.65-linux64-<br>&gt; gcc3.4.6/binsedf1b2c: No such file or directory<br>&gt; Error executing command sed -f /home/poos001/admb-9.0.65-linux64-<br>&gt; gcc3.4.6/binsedf1b2c xxalloc2.tmp &gt;&gt; envpref.cpp<br>&gt; Error trying to create output file envpref.cpp<br>&gt; <br>&gt; It appears the forward slash between bin and the sed files has <br>&gt; disappeared, resulting in similar issues as before, only now in <br>&gt; all instances. Mind you I use x86_64 and gcc 4.3.1, with the <br>&gt; files for gcc3.4.6, but I don't think this is the issue.&nbsp; <br>&gt; <br>&gt; All the files in admb-9.0.65-linux64-gcc3.4.6/bin are owned by <br>&gt; poos001, and have -rwxrwxrwx permission.<br>&gt; <br>&gt; Kind regards, Jan Jaap&nbsp; <br>&gt; <br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; Users mailing list<br>&gt; Users@admb-project.org<br>&gt; http://lists.admb-project.org/mailman/listinfo/users