It will be fascinating to see the package running on non-Windows platform. <br>
<br>
Shige<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Feb 5, 2009 at 12:52 AM, Schnute, Jon <span dir="ltr"><<a href="mailto:Jon.Schnute@dfo-mpo.gc.ca">Jon.Schnute@dfo-mpo.gc.ca</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hi everyone - My colleague Rowan Haigh and I are pleased to announce our first release of PBSadmb, an R package for ADMB. So far, we've written it only for Windows. You can read about it and obtain it from <a href="http://code.google.com/p/pbs-software/" target="_blank">http://code.google.com/p/pbs-software/</a>. Although the User's Guide appears on the web site, I enclose it with this message for your convenience.<br>

<br>
As we say on the web site: "We built PBSadmb so that we ourselves could use ADMB effectively. We believe that any R user who wants to run ADMB on a Windows platform will find PBSadmb a huge advantage for model development and analysis."<br>

<br>
Last December, John Sibert asked for clarification about an R interface to ADMB. (See his message below.) The first two paragraphs of the Guide give our answer to this question:<br>
<br>
"PBSadmb provides an R interface for developing models with the open version of a software package called AD Model Builder (ADMB). An R function handles every command normally associated with ADMB, including all steps required to make executable files. Consequently, the package enables an R user to handle all aspects of ADMB development with R script files. It includes a facility for ensuring that variable names match between the source file for ADMB (called a template) and a corresponding source file for R.<br>

<br>
PBSadmb depends heavily on another R package PBSmodelling. We use this to implement a Graphical User Interface (GUI) that greatly facilitates ADMB model development. A user can edit code, test it rapidly, and inspect the results of analyses, including Markov chain Monte Carlo (MCMC) simulations. A new user can learn key aspects of ADMB template code with the examples provided."<br>

<br>
For a much more complete answer, read the User's Guide (where Figure 1 shows the GUI), install the software, and try it. Steve Martell, please note that our GUI supports "fried eggs and beer" plots to represent Bayesian posterior samples.<br>

<br>
Best wishes,<br>
Jon<br>
<br>
PS to staff at PBS - Rowan and I hope to demonstrate this software at PBS sometime next week. If you're interested, please try it on your computer. We'd appreciate some local feedback.<br>
<br>
******************************************<br>
Jon Schnute, Scientist Emeritus<br>
Pacific Biological Station<br>
3190 Hammond Bay Road<br>
Nanaimo, BC V9T 6N7<br>
CANADA<br>
<br>
NEW email: <a href="mailto:Jon.Schnute@dfo-mpo.gc.ca">Jon.Schnute@dfo-mpo.gc.ca</a><br>
 (formerly <a href="mailto:schnutej@pac.dfo-mpo.gc.ca">schnutej@pac.dfo-mpo.gc.ca</a>)<br>
******************************************<br>
<br>
-----Original Message-----<br>
From: John Sibert [mailto:<a href="mailto:sibert@hawaii.edu">sibert@hawaii.edu</a>]<br>
Sent: December-15-08 12:10 PM<br>
To: Schnute, Jon<br>
Cc: Mark Maunder; Kery Marc; <a href="mailto:users@admb-project.org">users@admb-project.org</a>; Haigh, Rowan; Michael Prager<br>
Subject: Re: [ADMB Users] AD Model Builder and R<br>
<br>
Hi Folks,<br>
<br>
Perhaps someone could clarify what is meant by an "R interface to ADMB"?<br>
<br>
Communication of data between R and admb applications is easily done<br>
with ascii files. This is what Anders Nielsen and I do for all of our<br>
track reconstruction software. Pierre Kleiber has written R packages to<br>
interact with MULTIFAN-CL. This approach is fast and platform<br>
independent. So I'm not sure what you are asking for.<br>
<br>
Mike Prager has created some software that he calls "middleware" for<br>
examining ADMB output. I haven't taken the opportunity to examine Mike's<br>
utilities, but the information on the website suggests it might be very<br>
useful:  <a href="http://www.sefsc.noaa.gov/mprager/rinter.html" target="_blank">http://www.sefsc.noaa.gov/mprager/rinter.html</a><br>
<br>
Creation of installation scripts and of an IDE for developing admb<br>
application are separate issues that should not depend on R. The Inno<br>
installer that Dave created is a promising start for Windows<br>
installations and will be developed further. Also we have had some<br>
positive results from preliminary tests of NetBeans for creation of an<br>
ADMB IDE.<br>
<br>
So, lets hear some feedback on what is meant by an "R interface to ADMB".<br>
<br>
Regards,<br>
John<br>
<br>
<br>
<br>
Schnute, Jon wrote:<br>
> Mark and colleagues - This note is a reply to a message forwarded to me by Mark Maunder. I'm addressing a question by Marc Kery: "Any chance that someone might develop an R interface [to ADMB]?"<br>
><br>
> You may or may not know that, with the help of colleagues here, I've developed several packages for R in recent years. Three of them are currently available on CRAN <a href="http://cran.r-project.org/" target="_blank">http://cran.r-project.org/</a>. Each package name begins with "PBS" for the Pacific Biological Station, where I still work as a retired scientist.<br>

><br>
> We're now developing a package (PBSadmb) designed to support ADMB within R. It will have a GUI interface, and it should make installation of ADMB fairly easy for R users. Hopefully, it will work on all platforms that support R, as long as the ADMB Project distributes the corresponding binary libraries.<br>

><br>
> See the attached PDF file for a picture of the current (rather primitive) interface. It may take a while for us to support multiple version of Open ADMB, but I'll send a notice to all ADMB users (<a href="mailto:users@admb-project.org">users@admb-project.org</a>) when PBSadmb is available.<br>

><br>
> Best wishes,<br>
> Jon<br>
><br>
> ******************************************<br>
> Jon Schnute, Scientist Emeritus<br>
> Pacific Biological Station<br>
> 3190 Hammond Bay Road<br>
> Nanaimo, BC V9T 6N7<br>
> CANADA<br>
><br>
> NEW email: <a href="mailto:Jon.Schnute@dfo-mpo.gc.ca">Jon.Schnute@dfo-mpo.gc.ca</a><br>
>  (formerly <a href="mailto:schnutej@pac.dfo-mpo.gc.ca">schnutej@pac.dfo-mpo.gc.ca</a>)<br>
> ******************************************<br>
><br>
><br>
><br>
> -----Original Message-----<br>
> From: Mark Maunder [mailto:<a href="mailto:mmaunder@iattc.org">mmaunder@iattc.org</a>]<br>
> Sent: Wednesday, December 10, 2008 4:13 PM<br>
> To: Kery Marc<br>
> Cc: Arni Magnusson; Schnute, Jon<br>
> Subject: RE: AD Model Builder now free<br>
><br>
> Marc,<br>
><br>
> I guess that there will be some form of integration with R because many of the current ADMB users also use R. We have a couple of people involved in the initial stages who have a lot more R knowledge than I do. Hopefully, they will be motivated to make the necessary developments.<br>

><br>
> Currently there are DLLs for R, but few people use them.<br>
><br>
> Regards,<br>
><br>
> Mark<br>
><br>
> -----Original Message-----<br>
> From: Kery Marc [mailto:<a href="mailto:marc.kery@vogelwarte.ch">marc.kery@vogelwarte.ch</a>]<br>
> Sent: Wednesday, December 10, 2008 12:37 PM<br>
> To: Mark Maunder<br>
> Subject: AW: AD Model Builder now free<br>
><br>
> Hi Mark,<br>
><br>
> any chance that someone might develop an R interface ?<br>
><br>
> Regards  --  Marc<br>
><br>
> -----Urspr√ľngliche Nachricht-----<br>
> Von: <a href="mailto:bounce-3381192-3455202@list.cornell.edu">bounce-3381192-3455202@list.cornell.edu</a><br>
> [mailto:<a href="mailto:bounce-3381192-3455202@list.cornell.edu">bounce-3381192-3455202@list.cornell.edu</a>]Im Auftrag von Mark<br>
> Maunder<br>
> Gesendet: Mittwoch, 10. Dezember 2008 21:31<br>
> An: <a href="mailto:euring-l@cornell.edu">euring-l@cornell.edu</a><br>
> Betreff: AD Model Builder now free<br>
><br>
><br>
> The most widely used software package for the development of<br>
> state-of-the-art fisheries stock assessment methods, AD Model Builder,<br>
> or ADMB, can now be downloaded without charge from a public website,<br>
> <a href="http://admb-project.org" target="_blank">http://admb-project.org</a>.<br>
><br>
> ADMB-based computer models are used globally to monitor populations of<br>
> many endangered and commercially valuable species, to develop<br>
> place-based resource management policies, and to reconstruct movements<br>
> of animals tracked with electronic tags. ADMB- based stock assessments<br>
> are critical to the management of commercially important fisheries<br>
> stocks worth billions of dollars as well as ecologically sensitive<br>
> species, in the United States and<br>
> internationally. Every NOAA Fisheries Science Center uses the ADMB<br>
> software.<br>
><br>
> The recently released EURING 2007 proceedings has a manuscript<br>
> describing the use of ADMB for mark-recapture analysis: "Comparison of<br>
> Fixed Effect, Random Effect, and Hierarchical Bayes Estimators for Mark<br>
> Recapture Data Using AD Model Builder"<br>
><br>
> Please feel free to e-mail me if you have any questions about the ADMB<br>
> software<br>
><br>
> Mark Maunder<br>
> Inter-American  Tropical Tuna Commission<br>
> 8604 La Jolla Shores Drive<br>
> La Jolla, CA, 92037-1508, USA<br>
><br>
> Tel: (858) 546-7027<br>
> Fax: (858) 546-7133<br>
> <a href="mailto:mmaunder@iattc.org">mmaunder@iattc.org</a><br>
> <a href="http://iattc.org/iattc-staffMMaunder.htm" target="_blank">http://iattc.org/iattc-staffMMaunder.htm</a><br>
><br>
> Spatial Analysis for Stock Assessment workshop 14-17 October 2008<br>
> <a href="http://www.fisheriesstockassessment.com/TikiWiki/tiki-index.php?page=Spa" target="_blank">http://www.fisheriesstockassessment.com/TikiWiki/tiki-index.php?page=Spa</a><br>
> tial+Analysis+for+Stock+Assessment+2008<br>
><br>
> See the following website for information on fisheries stock assessment<br>
> <a href="http://www.fisheriesstockassessment.com/" target="_blank">http://www.fisheriesstockassessment.com/</a><br>
><br>
><br>
><br>
> ------------------------------------------------------------------------<br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> Users mailing list<br>
> <a href="mailto:Users@admb-project.org">Users@admb-project.org</a><br>
> <a href="http://lists.admb-project.org/mailman/listinfo/users" target="_blank">http://lists.admb-project.org/mailman/listinfo/users</a><br>
><br>
<br>
--<br>
Download ADModel Builder from <a href="http://admb-project.org" target="_blank">http://admb-project.org</a><br>
<br>
In theory, there is no difference between theory and practice. In practice there is. Yogi Berra<br>
<br>
John Sibert, Manager<br>
Pelagic Fisheries Research Program<br>
University of Hawaii at Manoa<br>
1000 Pope Road, MSB 313<br>
Honolulu, HI 96822<br>
United States<br>
<br>
Phone: (808) 956-4109<br>
Fax: (808) 956-4104<br>
Skype: john.sibert<br>
<br>
PFRP Web Site: <a href="http://www.soest.hawaii.edu/PFRP/" target="_blank">http://www.soest.hawaii.edu/PFRP/</a><br>
email: <a href="mailto:sibert@hawaii.edu">sibert@hawaii.edu</a><br>
<br>
<br>
<br>_______________________________________________<br>
Users mailing list<br>
<a href="mailto:Users@admb-project.org">Users@admb-project.org</a><br>
<a href="http://lists.admb-project.org/mailman/listinfo/users" target="_blank">http://lists.admb-project.org/mailman/listinfo/users</a><br>
<br></blockquote></div><br>