Just tried again.<div><br></div><div>32-bit:</div><div><br></div><div><div>> library(glmmADMB)</div><div>> epil2$subject <- factor(epil2$subject)</div><div>> fm <- glmmadmb(y ~ Base * trt + Age + Visit + (Visit | subject), family = "nbinom", data = epil2)</div>
<div>Error in glmmadmb(y ~ Base * trt + Age + Visit + (Visit | subject), family = "nbinom",  : </div><div>  glmmadmb binary should be available, but isn't</div></div><div><br></div><div>64-bit: same as above.</div>
<div><br></div><div>I'll keep trying whatever you suggest!</div><div><br></div><div>Thanks again,</div><div><br></div><div>Shawn</div><div><br></div><div><br></div><div><div><br></div><br><div class="gmail_quote">On Fri, Jul 29, 2011 at 4:31 PM, Ben Bolker <span dir="ltr"><<a href="mailto:bbolker@gmail.com">bbolker@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><div class="im">-----BEGIN PGP SIGNED MESSAGE-----<br>
Hash: SHA1<br>
<br>
</div>  [forwarding back to users group, for posterity ...]<br>
<div class="im"><br>
On 11-07-29 05:31 PM, Shawn McCracken wrote:<br>
> Hello Ben,<br>
><br>
> Thanks for your response.<br>
><br>
> So I just tried it again and here is what I get:<br>
><br>
>> fm <- glmmadmb(y ~ Base * trt + Age + Visit + (Visit | subject), data<br>
> = epil2, family = "nbinom")<br>
> Error in process_randformula(formula, data = data) :<br>
>   all grouping variables must be factors<br>
<br>
</div>  glmmadmb is now fussier than before about insisting that grouping<br>
variables be factors. I could have made the software smarter, but it's<br>
easier to make users convert their grouping variables into factors ...<br>
(so just use epil2$subject <- factor(epil2$subject))<br>
<div class="im"><br>
>> fm <- glmmadmb(y ~ Base * trt + Age + Visit + (Visit | subject),<br>
> family = "nbinom", data = epil2)<br>
> Error in process_randformula(formula, data = data) :<br>
>   all grouping variables must be factors<br>
<br>
</div>   same again (this looks identical, except for switching the order of<br>
the last two arguments, which should never matter as long as they're<br>
both named)<br>
<div class="im"><br>
>> fm <- glmmadmb(y ~ Base * trt + Age + Visit + (Visit | subject),<br>
> family = nbinom, data = epil2)<br>
> Error in glmmadmb(y ~ Base * trt + Age + Visit + (Visit | subject),<br>
> family = nbinom,  :<br>
>   object 'nbinom' not found<br>
><br>
<br>
</div>  "nbinom" needs to be in quotation marks.<br>
<div class="im"><br>
> I tried changing the syntax a bit and no luck. I would offer to compile<br>
> a TPL file but wouldn't have a clue where to start. Also, in your<br>
> document dated April 26,2011 under 'Overview of user guides and package<br>
> vignettes it still shows glmm.admb in the example model.<br>
<br>
</div>  Oops, will fix.<br>
<div class="im"><br>
> Alright, I just<br>
> realized the 32-bit version of R is also installed on my computer and so<br>
> I tried that. Same errors as above. I know you like to keep these posts<br>
> on the mailing lists, should I resubmit with our email test copied in?<br>
<br>
</div>  Can you try<br>
<br>
epil2$subject <- factor(epil2$subject)<br>
<div class="im">fm <- glmmadmb(y ~ Base * trt + Age + Visit + (Visit | subject),<br>
    family = "nbinom", data = epil2)<br>
<br>
</div> with the 32-bit version?<br>
<div class="im"><br>
><br>
> I am so very eager to get to try the new version out with multiple<br>
> random effects! Will it also handle nested effects?<br>
<br>
</div>  I think so (but again, not thoroughly tested, so let me know how it goes).<br>
<br>
   One warning is that the new version will be a bit slower than the old<br>
for single-random-effect cases -- we can probably fix that, but I will<br>
have an easier time twisting Hans and Dave's arms to work on it if we<br>
can get the package out and get people using it (and complaining).<br>
<br>
  cheers<br>
    Ben<br>
<div class="im"><br>
<br>
><br>
> Thank you,<br>
><br>
> Shawn<br>
><br>
><br>
> On Fri, Jul 29, 2011 at 4:10 PM, Ben Bolker <<a href="mailto:bbolker@gmail.com">bbolker@gmail.com</a><br>
</div><div class="im">> <mailto:<a href="mailto:bbolker@gmail.com">bbolker@gmail.com</a>>> wrote:<br>
><br>
><br>
>  I can't seem to find the original message now, so the thread may get<br>
> broken, but ...<br>
><br>
>  The name of the primary function has changed from "glmm.admb" to<br>
> "glmmadmb" in the new release.<br>
><br>
>  However, I'm sorry to say that I think the development version of the<br>
> package won't work for you on a MacOS 64-bit machine because we don't<br>
> have the binary built.  (If someone wants to compile a TPL file from the<br>
> current SVN version of ADMB (10.1 won't do) on a 64-bit MacOS platform<br>
> and send me the results, I can send the TPL file).<br>
><br>
>  We are on the verge (I hope, with breath held and fingers crossed) of<br>
> having the Buildbot automatically make these so I can incorporate them<br>
> in the package ... Johnoel has been working hard ...<br>
><br>
>  Ben<br>
><br>
-----BEGIN PGP SIGNATURE-----<br>
Version: GnuPG v1.4.10 (GNU/Linux)<br>
Comment: Using GnuPG with Mozilla - <a href="http://enigmail.mozdev.org/" target="_blank">http://enigmail.mozdev.org/</a><br>
<br>
</div>iEYEARECAAYFAk4zJqEACgkQc5UpGjwzenMi8gCgiqtdfzRDkOnuhvuppm1yHmSB<br>
vMwAn0Rl5uOdHDoKntmQoQyp5yG59Krw<br>
=cJhA<br>
-----END PGP SIGNATURE-----<br>
</blockquote></div><br></div>