I thought the model automatically looked in the directory for the .mcm file or whatever it's called. It works to run<div>mymodel -noest -nohess -mcmc N -mcsave M<br>which will start at the initial values rather than those in the .pin file, but it definitely makes use of the correct Hessian matrix info.</div>
<div>-Ian</div><div><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jan 31, 2012 at 4:09 PM, Mark Maunder <span dir="ltr"><<a href="mailto:mmaunder@iattc.org">mmaunder@iattc.org</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
I think there is, but not sure how to do it.<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
-----Original Message-----<br>
From: Mollie Brooks [mailto:<a href="mailto:mbrooks@ufl.edu">mbrooks@ufl.edu</a>]<br>
Sent: Tuesday, January 31, 2012 3:12 PM<br>
To: Mark Maunder<br>
Cc: ADMB Users<br>
Subject: Re: [ADMB Users] mcpin<br>
<br>
Thanks Mark.<br>
I think I already estimated the variance covariance matrix in the first model run. Is there a way to give it to ADMB?<br>
<br>
<br>
<br>
On 31 Jan 2012, at 5:47 PM, Mark Maunder wrote:<br>
<br>
> You also need the variance-covariance matrix for the jumping rule. You could use<br>
><br>
> xxxx -ainp xxxx.par -mcmc 100000000<br>
><br>
> To start the model at the parameter estimates (makes it run quicker), estimate the hessian (will take some time), and run the mcmc<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> -----Original Message-----<br>
> From: <a href="mailto:users-bounces@admb-project.org">users-bounces@admb-project.org</a> [mailto:<a href="mailto:users-bounces@admb-project.org">users-bounces@admb-project.org</a>] On Behalf Of Mollie Brooks<br>
> Sent: Tuesday, January 31, 2012 2:16 PM<br>
> To: ADMB Users<br>
> Subject: [ADMB Users] mcpin<br>
><br>
> Hi,<br>
> I have already found point estimates for the parameters of my model. Now I'm interested in doing mcmc sampling.<br>
> Can I use the command line option -mcpin to start the mcmc sampling at the values stored in model.par without redoing the maximum likelihood estimation? The manual talks about using -mcpin with values from profiling, but I can't do profiling because I'm interested in the distribution of the variance parameters of random effects.<br>

><br>
> thanks,<br>
> Mollie<br>
><br>
> Mollie Brooks<br>
> Ph.D. Candidate<br>
> NSF IGERT Fellow<br>
> Biology Department<br>
> University of Florida<br>
> <a href="mailto:mbrooks@ufl.edu">mbrooks@ufl.edu</a><br>
> <a href="http://people.biology.ufl.edu/mbrooks" target="_blank">http://people.biology.ufl.edu/mbrooks</a><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> Users mailing list<br>
> <a href="mailto:Users@admb-project.org">Users@admb-project.org</a><br>
> <a href="http://lists.admb-project.org/mailman/listinfo/users" target="_blank">http://lists.admb-project.org/mailman/listinfo/users</a><br>
><br>
<br>
_______________________________________________<br>
Users mailing list<br>
<a href="mailto:Users@admb-project.org">Users@admb-project.org</a><br>
<a href="http://lists.admb-project.org/mailman/listinfo/users" target="_blank">http://lists.admb-project.org/mailman/listinfo/users</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>