Hi,<div><br></div><div><div>as a minimalist test I made the model:</div><div><div>DATA_SECTION</div><div><br></div><div>PARAMETER_SECTION</div><div>  init_number a</div><div>  sdreport_number b</div><div>  objective_function_value f</div>
<div>PROCEDURE_SECTION</div><div>  b=a;</div><div>  f = square(a);</div></div><div><br></div><div>and invoked mcmc as:</div><div><br></div><div>program -mcmc 1000 -mcsave 10</div><div><br></div><div>and using readbin:</div>
<div>readbin program.psv</div><div><br></div><div>I found there was a chain of 100 elements.</div><div><br></div><div>restarting as:</div><div><br></div><div>program -mcr -mcmc 1000 -mcsave</div><div><br></div><div>I got 200 elements in the chain...</div>
<div><br></div><div>So it should work just to add -mcr with the previous arguments.</div><div><br></div><div>8 days to get 150000 MCMCs...wow.</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div>Jim</div><div><br></div><br><div class="gmail_quote">
On Tue, Aug 7, 2012 at 4:58 PM, Edgar Gonzalez <span dir="ltr"><<a href="mailto:edgarjgonzalez@ymail.com" target="_blank">edgarjgonzalez@ymail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div><div style="font-size:12pt;font-family:times new roman,new york,times,serif"><div style="font-family:'times new roman','new york',times,serif;font-size:12pt"><span>Hi everyone,</span></div><div style="font-family:'times new roman','new york',times,serif;font-size:12pt">
<span><br></span></div><div style="font-family:'times new roman','new york',times,serif;font-size:12pt">Does anyone know how the -mcr command works? I've searched the web and couldn't find its use, apart from the vague:</div>
<div style="font-family:'times new roman','new york',times,serif;font-size:12pt"><br></div><div><blockquote style="font-family:'times new roman','new york',times,serif;font-size:12pt;margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<div>







<div>-mcr resume previous mcmc</div><div><br></div></div></blockquote>I ran my code (which is not a random effects model) as:</div><div><br></div><div><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px"><div>program -mcmc 500000 -mcsave -1500</div>
<div><br></div></blockquote>which took about 8 days to run. My problem is that I can only run codes for 10 days and then they're automatically stopped. So I'll have to partition my mcmc run as I require 16 million steps (calculated from a previous diagnostics run).</div>
<div><br></div><div>Could anyone help me?</div><div><br></div><div>Thanks in advance,</div><div style="font-family:'times new roman','new york',times,serif;font-size:12pt"> </div><div style="font-family:'times new roman','new york',times,serif;font-size:12pt">
Edgar J. González<br>Ecology Department<br>Science Faculty, UNAM</div></div></div><br>_______________________________________________<br>
Users mailing list<br>
<a href="mailto:Users@admb-project.org">Users@admb-project.org</a><br>
<a href="http://lists.admb-project.org/mailman/listinfo/users" target="_blank">http://lists.admb-project.org/mailman/listinfo/users</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><p><a name="SafeHtmlFilter_SafeHtmlFilter__MailAutoSig">James
Ianelli<br></a>REFM Division<br>Alaska Fisheries Science Center<br>NMFS/NOAA Building 4<br>7600 Sand Pt Way NE<br>Seattle WA 98115</p><p></p>

<p> 206 526 6510</p><p></p><br>
</div>