Hi Mollie,<div>mcsave doesn't work in the hybrid method. This is flagged as Issue #94: <a href="http://www.admb-project.org/redmine/issues/94">http://www.admb-project.org/redmine/issues/94</a>.</div><div>so you just get huge files and have to thin later. If you want to try to get it working, you can probably start with the commented-out line 384 in the file <a href="http://admb-project.org/redmine/projects/issues/repository/entry/trunk/src/nh99/hybmcmc.cpp">hybmcmc.cpp</a>:</div>
<div><div>    //if ( (on=option_match(ad_comm::argc,ad_comm::argv,"-mcsave"))>-1)</div></div><div><br></div><div>Issue 94 also suggests that it may not work with random effects, so you can be a pioneer there.</div>
<div><br></div><div>As for the 
"-hynstep" (singular, not plural), that input controls how many steps the algorithm makes between doing something else. If there's a good explanation out there of how hybrid MCMC works in general, or advise on tuning the epsilon and n-steps inputs, I haven't seen it.</div>
<div>-Ian</div><div><br></div><div><div><br><div class="gmail_quote">On Fri, Aug 24, 2012 at 11:01 AM, Mollie Brooks <span dir="ltr"><<a href="mailto:mbrooks@ufl.edu" target="_blank">mbrooks@ufl.edu</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi ADMB users,<br>
<br>
This is essentially the simple tpl file that Dave told me to try, but I added the random effects vector u.<br>
<br>
DATA_SECTION<br>
   int n<br>
  !! n=10;<br>
PARAMETER_SECTION<br>
   init_vector x(1,n);<br>
   sdreport_number x1;<br>
   objective_function_value f;<br>
   random_effects_vector u(1,n);<br>
PROCEDURE_SECTION<br>
   x1=x(1);<br>
   f+=0.5*norm2(x);<br>
   f+=0.5*norm2(u);<br>
<br>
<br>
I can compile it, then run it with the command<br>
./hybridsimple_re -hybrid -hyeps .3 -hynsteps 2 -mcmc2 10<br>
<br>
After playing around for a while, I can't figure out what the parameter -hynsteps is doing.<br>
I also can't seem to use mcsave to thin the samples.<br>
Anybody know how to use -hynsteps and -mcsave in hybrid mcmc sampling?<br>
<br>
thanks,<br>
Mollie<br>
<br>
<br>
Mollie Brooks<br>
Postdoctoral Researcher, Ponciano Lab<br>
Biology Department, University of Florida<br>
<a href="http://people.biology.ufl.edu/mbrooks" target="_blank">http://people.biology.ufl.edu/mbrooks</a><br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Users mailing list<br>
<a href="mailto:Users@admb-project.org">Users@admb-project.org</a><br>
<a href="http://lists.admb-project.org/mailman/listinfo/users" target="_blank">http://lists.admb-project.org/mailman/listinfo/users</a><br>
</blockquote></div><br></div></div>