Hi all,<div><br></div><div>As a summer project I deduced and documented how ADMB deals with bounded parameters internally, and how that affects the covariance calculations. This knowledge allows the user to write their own admodel.cov file which ADMB will then use in the MCMC phase. There are some old threads where users were looking for this information, so I was encouraged to upload it onto the project website and send it along to this list.</div>


<div><br></div><div>You can find it here: <a href="http://www.admb-project.org/community/tutorials-and-examples/covariance-calculations" target="_blank">http://www.admb-project.org/community/tutorials-and-examples/covariance-calculations</a></div>


<div><br></div><div>I am new to ADMB so please let me know if you have any questions/comments/corrections. I will warn that the R code uploaded is not well tested so let me know if you run into any problems.</div><div><br>


</div><div>Thanks,</div><div><br></div><div>Cole Monnahan</div><div>M.S. Student</div><div>Quantitative Ecology and Resource Management</div><div>University of Washington</div><div><a href="mailto:monnahc@uw.edu" target="_blank">monnahc@uw.edu</a></div>