<div><font face="arial, sans-serif">Awhile back I sent out an ADMB example for line transect sampling (<a href="http://www.admb-project.org/examples/sampling/line-transect-methods/estimation-of-detection-function">http://www.admb-project.org/examples/sampling/line-transect-methods/estimation-of-detection-function</a>). That code fits detection functions with fixed effects for the scale parameter of either a half-normal or hazard rate function.  Development of a random effect model with ADMB was a little more challenging but with the expertise of Hans Skaug we were able to put together the following example that currently only works for a half-normal detection function.  I've included everything in an R package called RandomScale. You can use it without R but the mixed effect part will be more challenging because the data file includes a design matrix for the fixed effect portion of the model. On the page for the code link there are links that will take you to the TPL and example DAT files. Other detection functions may follow.</font></div>
<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.800000190734863px"><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.800000190734863px"><br></span></div>Title: Distance Sampling with Random Scale Detection Function</span><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.800000190734863px">
<br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.800000190734863px">Abstract: Provides code to fit line transect sampling half-normal detection function with a random scale or a mixed-effect scale model.</div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.800000190734863px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.800000190734863px">URL:<a href="https://github.com/downloads/jlaake/ADMB-Examples/distance_random_effect.pdf" target="_blank">https://github.com/downloads/jlaake/ADMB-Examples/distance_random_effect.pdf</a></div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.800000190734863px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.800000190734863px">Code URL:<a href="https://github.com/jlaake/RandomScale" target="_blank">https://github.com/jlaake/RandomScale</a></div>