Hello,<br><br>Using R ver 2.15.2, package glmmADMB_0.7.3 in Win7,  I've been attempting to run a negative binomial model to determine the effects of season and forest stand types on snowshoe hare pellet densities.   Year is a random (nuisance) variable.  Each stand type (treatment) has unequal sample sizes that vary by year.   The count data are constrained at zero, zero inflated, and range from 0 - 990 (residuals show overdispersion).<br>

<br>Data Structure:<br><br>> str(ps)<br>'data.frame':   387 obs. of  7 variables:<br> $ year     : Factor w/ 5 levels "2008","2009",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...<br> $ season : Factor w/ 2 levels "Smr","Wtr": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...<br>

 $ stand    : Factor w/ 39 levels "AF1","AF2","AF3",..: 32 33 25 27 26 34 23 31 24 28 ...<br> $ stndtyp: Factor w/ 3 levels "MT","RG","SEL": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...<br>

 $ pellets:  int  1 1 2 2 4 5 7 9 12 13 ...<br> $ days   : num  114 114 127 127 127 127 122 112 115 112 ...<br> $ ln.days: num  4.74 4.74 4.84 4.84 4.84 ...<br><br>Model:<br>>  nb1 <- glmmadmb(pellets ~ season * stndtyp + offset(ln.days) + (1|year), na.omit, data=ps,family="nbinom", link="logit")<br>

<br>    Warning in glmmadmb(pellets ~ season * stndtyp + offset(ln.days) + (1 |  :<br>      NAs removed in constructing fixed-effect model frame: you should probably remove them manually, e.g. with na.omit()<br>    Warning in II[, ii] + REmat$codes[[i]] :<br>

      longer object length is not a multiple of shorter object length<br>    Error in II[, ii] = II[, ii] + REmat$codes[[i]] : <br>      number of items to replace is not a multiple of replacement length<br><br>Are there syntax problems? - with the na.omit and random specification.  Model problems? - with unequal sample sizes, or wrong specification of the link.   Do the algorithms require equal sample sizes?<br>

I'm also confused about how to know what value of theta to specify, and when it is appropriate to specify?<br><br>Thanks all.<br clear="all">-- <br>Sheryn Olson<br>Graduate Research Assistant, The University of Maine<br>

<br>