<div dir="ltr">Hi Mollie,<div><br></div><div>I always estimate all fixed effects paramaters first (using one or more phases).</div><div>Then I activate both the parameters of the AR-1 state space model in</div>
<div>a single phase. The advantage of this is that plain ADMB (non-ADMB-RE)</div><div>is used in the beginning which is really fast. </div><div><br></div><div style>However, every model has its own features. I recently came across a model</div>
<div style>where one of the fixed effects (not a simple regression parameter, though)</div><div style>was not identifiable without the random effects being active, so</div><div style>my standard approach failed.</div><div style>
<br></div><div style>I hope this helps.</div><div style><br></div><div style>hans</div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jun 18, 2013 at 3:21 PM, Mollie Brooks <span dir="ltr"><<a href="mailto:mbrooks@ufl.edu" target="_blank">mbrooks@ufl.edu</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi,<br>
I was wondering if any of you have a rule of thumb for what parameters to bring in in what phases of state-space models.  I'm thinking about using phases to try to speed up and robustify my state-space model.<br>
<br>
My latent state follows an AR(1) process.<br>
These are the parameters<br>
PARAMETER_SECTION<br>
        init_bounded_number logitrho(0,9); //autocorrelation coefficient on the logic scale<br>
        init_vector ucoeffs(1,ncoeffs); //coefficients of linear part of model<br>
        init_bounded_number logsigmaSq(-10,2,3);<br>
        objective_function_value jnll;<br>
        random_effects_vector u(1,totobs,1); //latent states<br>
<br>
This is the basic underlying process<br><br>
where the Ds are the latent states in random_effects_vector u,<br>
rho is the autocorrelation coefficient,<br>
beta is the vector ucoeffs that gets multiplied by the linear predictors in X,<br>
and sigmaSq is the variance of process error.<br>
<br>
Thanks!<br>
Mollie<br>
<br>
Mollie Brooks, PhD<br>
Postdoctoral Researcher, Population Ecology Research Group <a href="http://www.popecol.org" target="_blank">http://www.popecol.org</a><br>
Institute of Evolutionary Biology & Environmental Studies, University of Zürich<br>
<br>
<br>
<br>
<br>_______________________________________________<br>
Users mailing list<br>
<a href="mailto:Users@admb-project.org">Users@admb-project.org</a><br>
<a href="http://lists.admb-project.org/mailman/listinfo/users" target="_blank">http://lists.admb-project.org/mailman/listinfo/users</a><br>
<br></blockquote></div><br></div></div>