<div dir="ltr">Thanks Steve.<div><br></div><div>Rick</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Dec 2, 2013 at 2:31 PM, Steve Martell <span dir="ltr"><<a href="mailto:SteveM@iphc.int" target="_blank">SteveM@iphc.int</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div>
<div><font><span style="font-size:10pt">
<div>Hi Dan, Rick,<br>
<br>
Here is what I have implemented thus far in iSCAM.  If you save the cpp and header file in your tpl directory, then you'll have to recompile the code using<br>
<br>
> admb mycode logistic_normal<br>
<br>
I think that works; I use my own makefiles to compile the code.  But if your using the most recent version of ADMB, it should be there.
<br>
<br>
Note also that the logistic_normal is already in the ADMB source code (I put it there a couple of years ago).  In the API search dmvlogistic.  So you can use that as an alternative. 
<br>
<br>
Note I've implemented it as a class,  to use it inside your tpl, you'll need the following:<br>
<br>
GLOBALS_SECTION<br>
  #include "logistic_normal.h"<br>
<br>
and in the<br>
PROCEDURE_SECTION<br>
  // Instantiate the object with observed matrix(O) and predicted matrix (P)<br>
  logistic_normal cLN_Age(O,P); <br>
   <br>
  // Get the logistic normal likelihood<br>
  nlvec(k)  = cLN_Age.negative_loglikelihood(atau2(k));<br>
<br>
<br>
  // Get the normalized residuals for plotting.<br>
  nu          = cLN_Age.standardized_residuals();<br>
<br>
</div>
</span></font></div><div><div class="h5">
<div><font><span style="font-size:10pt">
<div><br>
On Dec 2, 2013, at 1:53 PM, chris.francis <<a href="mailto:chris.francis@clear.net.nz" target="_blank">chris.francis@clear.net.nz</a>> wrote:<br>
<br>
> Hi Dan,<br>
> <br>
> Rick Methot is contemplating implementing the<br>
> logistic-normal likelihood in Stock Synthesis, and asked me<br>
> whether I had any C++ code I could send him to use as a<br>
> prototype for this implementation.<br>
> <br>
> Would you be able to send him (at the email address above)<br>
> the logistic-normal-related code you inserted into your paua<br>
> model?  That would be great if you could.<br>
> <br>
> Actually, it would be useful if you could cc your email to<br>
> Steve Martell (address above), who already has LN1 in his<br>
> program (iSCAM), and is wanting to implement LN2-3. <br>
> <br>
> Cheers,<br>
> <br>
> Chris<br>
<br>
</div>
</span></font></div>
<br>
</div></div><hr>
<font face="Arial" color="Gray" size="1"><br>
This internet e-mail message, and any files transmitted with it, contains confidential, privileged information that is intended only for the addressee. If you have received this e-mail message in error, please call us at <a href="tel:%28206%29%20634-1838" value="+12066341838" target="_blank">(206) 634-1838</a> collect if necessary)
 and ask to speak to the message sender. Nothing in this e-mail or the act of transmitting it, is to be construed as a waiver of any rights or privileges enjoyed by the sender or the International Pacific Halibut Commission pursuant to the International Organizations
 Immunities Act, 22 U.S.C. Sec. 288 et seq.<br>
</font>
</div>

</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><b style="font-weight:normal"><span style="font-family:Arial;font-size:13px;color:rgb(102,102,102);font-weight:bold;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap">Richard D. Methot Jr. Ph.D.</span><br>
</b><b style="font-weight:normal"><span style="font-family:Arial;font-size:13px;color:rgb(102,102,102);font-style:italic;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap">NOAA Fisheries - </span></b><b style="font-weight:normal"><font color="#666666" face="Arial"><span style="white-space:pre-wrap"><i>Science Advisor for Stock Assessments</i></span></font></b><div>
<b style="font-weight:normal"><span style="font-family:Arial;font-size:13px;color:rgb(102,102,102);vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap">Office:  206-860-3365</span></b><b style="font-weight:normal"><br><span style="font-family:Arial;font-size:13px;color:rgb(102,102,102);vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap">Mobile:  301-787-0241</span><br>
</b></div>
</div>